曽 超 (Chao ZENG, Ph.D.)

博士研究員 | Postdoctoral Researcher

AIST-Waseda University Computational Bio Big-Data Open Innovation Laboratory (CBBD-OIL)

招聘研究員 | Adjunct Researcher

早稲田大学理工学術院・浜田道昭研究室 | Bioinformatics Lab, Waseda University

〒169-8555 新宿区大久保3-4-1 西早稲田キャンパス55号館N棟4階05B室

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News (archives)

Education

Experience

Grants (1)

Preprints (5)

  1. Chao Zeng*, et al.
  2. XX, Chao Zeng, et al.
  3. XX, Chao Zeng, et al.
  4. XX, Chao Zeng, et al.
  5. XX, .., Chao Zeng, et al.

Publications (6)

  1. Chao Zeng*, Michiaki Hamada*, RNA-seq analysis reveals localization-associated alternative splicing across 13 cell lines, Genes 2020, 11(7):820. [bioRxiv]
  2. Chao Zeng, Michiaki Hamada*, Detection and characterization of ribosome-associated lncRNA, Methods in Molecular Biology [URL] in press
  3. Chao Zeng*, Michiaki Hamada*, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, BMC Genomics 2018, 19(Suppl 10):906.
  4. Chao Zeng*, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada*, Identification and analysis of ribosome-associated lncRNAs using ribosome profiling data, BMC Genomics 2018, 19:414.
  5. Hu, Xiao-tong*, Chao Zeng*, Obstacle Avoidance and Path Planning Based on S-Type Double-Arc Insertion Method, Wireless Communications Networking and Mobile Computing (WiCOM), 6th International Conference on. IEEE, 2010 Undergraduate research
  6. 胡晓彤*, 曽超*, 靶向穿刺自动进针障碍物规避路径规划的研究, 图像图形技术研究与应用 18 (2010)

Presentations (35)

Oral (6)
  1. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and characterisation of ribosome-associated lncRNAs in human and mouse, RNA bioinformatics, 2019/9/9~11, Wellcome Genome Campus/UK
  2. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Identifying sequence features that drive ribosomal association for lncRNA, The 29th International Conference on Genome Informatics(GIW2018), 2018/12/03~05, Kunming/China
  3. 天津早貴, 岡田航, 曽超, 中條岳志, 廣瀬哲郎, 浜田道昭, architectural RNA配列の特徴抽出, 生命科学系フロンティアミーティング2018 (生命情報科学若手の会第10回研究会), 2018/10/5~7,静岡県三島市
  4. Chao Zeng, Michiaki Hamada, A comprehensive analysis of the effects of alternative splicing on RNA localization in human, 第7回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2018), 2018/09/19~21, 山形県鶴岡市
  5. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Integrative analysis of multiple ribosome profiling datasets reveals widespread lncRNA-ribosome interaction in mammals, 第6回生命医薬情報学連合大会(IIBMP2017), 2017/09/27~29, 札幌
  6. Chao Zeng, Hiroaki Iwata, Natsuhiro Ichinose, Tetsushi Yada, Osamu Gotoh, Mapping and Aligning PacBio RNA-seq Data, The Asian Young Researchers Conference on Computational and Omics Biology (AYRCOB2012), 2012/12/20~21, Shenzhen/China
Posters (29)
  1. 髙橋聡、野呂林太郎、吉川明子、中道真仁、菅野哲平、松本優、武内進、平尾真季子、松田久仁子、Chao Zeng、浜田道昭、久保田馨、清家正博、弦間昭彦, ドライバー遺伝子異常肺癌の薬剤耐性機序における長鎖ノンコーディングRNAの意義/Significance of long non-coding RNA associated with drug resistance in lung cancer with driver mutation, 第60回日本呼吸器学会学術講演会, 2020/9/20~22, 神戸コンベンションセンターWEB開催
  2. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Deciphering the effects of alternative splicing on RNA subcellular localization, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada
  3. Masahiro Onoguchi, Chao Zeng, Yukiteru Ono, Michiaki Hamada, Analysis and estimation of functional domains of lncRNAs using eCLIP data, Noncoding RNAs: Mechanism, Function and Therapies, 2020/1/12~16, Fairmont Chateau Whistler, Whistler, British Columbia, Canada
  4. 曽超、浜田道昭, リボソームプロファイリングデータのin silico解析：事例紹介/In silico analysis of ribosome profiling data: case studies, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
  5. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, 長鎖非コードRNA研究におけるRNA-seq解析パイプラインの評価/Assessment of RNA-seq analysis pipelines for lncRNAs , 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
  6. 小野口真広、曽超、松丸綾子、浜田道昭, 転写産物中に存在する反復配列に結合するRNA結合タンパク質の解析 /Analysis of RNA binding proteins associated with repeat-derived RNAs, 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
  7. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Decay Factor, in Nuclear mRNA Quality Control (RNA分解因子MTR4が核内ｍRNA品質管理に果たす役割の解明), 先進ゲノム支援拡大班会, 2019/12/16~17, ホテルメルパルク名古屋
  8. Chao Zeng, Masahiro Onoguchi, Yu Hamaguchi, Michiaki Hamada, Detecting differentially expressed genomic regions from RNA-seq/RNA-seqデータより発現変動ゲノム領域の検出手法, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  9. 小野口真広、曽超、松丸綾子、浜田道昭, eCLIPデータを用いた機能性RNA反復配列の推定/Estimation of functional repeat-derived RNAs using eCLIP data, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  10. 若林佑太郎、寺内由希、石川公輔、曽超、小林雄太、浜田道昭、渡辺慎哉、仙波憲太郎, 小胞体ストレスに誘導されるlncESITに関する発現・機能解析/Expression and Function Analyses of lncESIT Induced by Endoplasmic Reticulum Stress, 第42回日本分子生物学会年会, 2019/12/2~6, 福岡国際会議場・マリンメッセ福岡
  11. 鈴木 ゆりあ，曽 超, 浜⽥ 道昭，二次構造を考慮したCRISPR/Cas13 crRNAのデザインツール開発，第11回生命情報科学若手の会, 2019/10/18〜20, 富士Calm
  12. 韓晗, 山田俊理, 曽超, 浜田道昭, 鈴木穣, 秋光信佳, Role of MTR4, an RNA Degradation Factor, in Nuclear mRNA Quality Control (RNA分解因子MTR4が核内のｍRNA品質管理に果たす役割の解明), RNA Frontier Meeting 2019, 2019/9/24~26, 静岡県伊豆市(IBM天城ホームステッド)
  13. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, lncRNA 研究におけるにおけるRNA-seq解析手法の評価 (Benchmarking of RNA-seq analysis methods for lncRNAs), RNA Frontier Meeting 2019, 2019/9/24~26, 静岡県伊豆市(IBM天城ホームステッド)
  14. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Differentially Expressed Genomic REgion Estimation (DEGREE) for RNA-seq data, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉
  15. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, lncRNA研究における転写産物レベルでのRNA-seq解析手法の評価, 先進ゲノム支援班会議, 2019/8/27-28, 東京大学柏の葉キャンパス駅前サテライト/千葉
  16. 曽超, 浜田道昭, 選択的スプライシングがRNAの細胞内局在に与える影響のゲノムワイド解析 (Genome-wide analysis of the effects of alternative splicing on RNA subcellular localization), 第21回日本RNA学会年会, 2019/7/17~19, 東京
  17. 浜口悠, 曽超, 浜田道昭, lncRNA研究におけるRNA-seq解析パイプラインの評価 (Benchmarking of RNA-seq analysis pipelines for lncRNAs), 第21回日本RNA学会年会, 2019/7/17~19, 東京
  18. 天津早貴，岡田航，浜口悠，曽超，小野口真広，中條岳志，廣瀬哲郎，浜田道昭, architectural RNA配列の特徴抽出 (Characterization of Architectural RNA Sequences), 第21回日本RNA学会年会, 2019/7/17~19, 東京
  19. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Study on the effects of alternative splicing on RNA localization, 先進ゲノム支援2018年度拡大班会議, 2018/12/20~21, 福岡「ライトニングトーク、ポスター発表」
  20. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Computational analyses for omics data, 先進ゲノム支援2018年度拡大班会議, 2018/12/20~21, 福岡「ライトニングトーク、ポスター発表」
  21. Yu Hamaguchi, Chao Zeng, Michiaki Hamada, Evaluation of RNA-seq analysis methods at transcript level using simulation data, 先進ゲノム支援2018年度拡大班会議, 2018/12/20~21, 福岡「ライトニングトーク、ポスター発表」
  22. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga, Michiaki Hamada, Identification and analysis of ribosome-associated lncRNAs using ribosome profiling data, 新学術領域先進ゲノム班会議2018, 2018/08/20~21, 静岡県三島市「ライトニングトーク、ポスター発表」
  23. 曽超, 福永津嵩, 浜田道昭, リボソームプロファイリングデータを用いたリボソーム関連する長鎖ノンコーディングRNAの同定と解析, 第20回日本RNA学会年会, 2018/07/09~11, 大阪
  24. Chao Zeng, Michiaki Hamada, Alternative splicing determines subcellular localization of RNAs: a hypothesis, 第20回日本RNA学会年会, 2018/07/09~11, 大阪
  25. Chao Zeng, Tsukasa Fukunaga and Michiaki Hamada, Ribosome profiling reveals the plurality of ribosome-associated long non-coding RNAs in mammals, 第19回日本RNA学会年会, 2017/07/19~21, 富山
  26. 曽超, 福永津嵩, 浅井潔, 浜田道昭, Identification and classification of translational pausing and ribosome-associated lncRNAs, 第五回NGS現場の会, 2017/05/22~24, 仙台
  27. Chao Zeng, Kiyoshi Asai, Exploring the Effects of mRNA Sequence Features on Ribosome Pausing, The 21st Annual Meeting of the RNA Society(RNA2016), 2016/06/28~07/02, 京都
  28. Chao Zeng, Hiroaki Iwata, Natsuhiro Ichinose, Tetsushi Yada, Osamu Gotoh, Detection of Splice Junctions from Mid-to-Long RNA-seq Reads by SPALN, The International Conference on Genome Informatics Workshop (GIW2012), 2012/12/12~14, Tainan/Taiwan
  29. Chao Zeng, Hiroaki Iwata, Osamu Gotoh, Mapping Middle-to-Long RNA-seq Reads onto Genomic Sequence, 生命医薬情報学連合大会(JSBi2012), 2012/12/14~17, 東京

Awards (2)